Tomlab Blog

created: 2022-05-23

GTF/GFF

GTF


$1: seqname 染色体名やscaffold名、chrはなくてもよい
$2: source featureを作製したprogram/data source名
$3: feature featureのタイプ名
$4: start featureの開始位置
$5: end featureの終了位置
$6: score 浮動小数点値
$7: strand +(fwd)|-(rv)
$8: frame 読み枠(0|1|2),0なら最初の塩基がコドンの最初の塩基
$9: attribute featureの追加情報、セミコロン区切りのタグ値

GFF

$1: seqid 染色体名やscaffold名、chrはなくてもよい
$2: source featureを作製したprogram/data source名
$3: type featureのタイプ名, SOFAにあるtermまたはaccession
$4: start featureの開始位置
$5: end featureの終了位置
$6: score 浮動小数点値
$7: strand +(fwd)|-(rv)
$8: phase 読み枠(0|1|2),0なら最初の塩基がコドンの最初の塩基
$9: attributes featureの追加情報、セミコロン区切りのタグ値