GTF/GFF

GTF

• GTF (General Transfer Format)
• ゲノム上の位置に関するアノテーション情報
• GTFはGFFのversion2と同一
• tab区切り、空のカラムは.(ドット)で埋める

$1:	seqname	染色体名やscaffold名、chrはなくてもよい
$2:	source	featureを作製したprogram/data source名
$3:	feature	featureのタイプ名
$4:	start	featureの開始位置
$5:	end	featureの終了位置
$6:	score	浮動小数点値
$7:	strand	+(fwd)|-(rv)
$8:	frame	読み枠(0|1|2),0なら最初の塩基がコドンの最初の塩基
$9:	attribute	featureの追加情報、セミコロン区切りのタグ値

GFF

• General Feature Format
• fileの1行目に##gff-version 3と記載する
• tab区切り, .で空のカラムを埋める

$1:	seqid	染色体名やscaffold名、chrはなくてもよい
$2:	source	featureを作製したprogram/data source名
$3:	type	featureのタイプ名, SOFAにあるtermまたはaccession
$4:	start	featureの開始位置
$5:	end	featureの終了位置
$6:	score	浮動小数点値
$7:	strand	+(fwd)|-(rv)
$8:	phase	読み枠(0|1|2),0なら最初の塩基がコドンの最初の塩基
$9:	attributes	featureの追加情報、セミコロン区切りのタグ値